La Escuela Militar fue fundada por el Presidente Don Vicente Rocafuerte, el 7 de julio de 1838, y funcionó durante 7 años, hasta que el General Juan José Flores decretó su clausura, el 10 de Abril de 1845. Posteriormente el 2 de abril de 1869 Gabriel García Moreno, Presidente de le República decretó la reapertura del Instituto con nombre de "ESCUELA PRACTICA DE CADETES". Se cerró el 6 de febrero de 1876. Por decreto Legislativo del 8 de Agosto de 1866 en la presidencia de Antonio Flores Jijón, se restableció la Escuela Militar con un curso de 2 años de duración. En la Presidencia de Luis Cordero, el Congreso de 1892 emitió un decreto para reorganización del Colegio Militar. En esta época funciona por primera vez en un local ubicado en el Parque de Mayo Cuatro años más tarde volvió a desaparecer el Instituto. El General Eloy Alfaro decretó el restablecimiento de la Escuela Militar el 11 de Diciembre de 1899 Desde entonces funciona hasta hoy sin ninguna interrupción. El primer Director fue el General Francisco Hipólito Moncayo.

El 3 de Octubre de 1935. la Escuela Militar se transformó en Colegio de Segunda Enseñanza y el 7 de Agosto de 1937, por decreto número 584, se concedieron al Director las atribuciones propias de los rectores de los Colegios secundarios facultándole para que pueda conferir Títulos de Bachiller de acuerdo con la ley Orgánica de Segunda Educación.

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